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顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD检测的应用发展前景!

2022-02-28 02:08:16 来源: 潍坊长安医院 咨询医生

"丝氨酸被纳入MRD检查的吸引力是恰当的,愿意这些困难重重将独自增大下一代MRD检查的安全官能。"

胃癌的MRD检查是一种灵活且特异的主要用途经故常出现间歇性胃癌病症血浆中都面源官能遗传物质(如ctDNA)相较存量的新方法。在这种状态下,病症不能见光可见的软组织,但确实实际上标准医兼修影像新方法无法检查到但事与愿违会导致胃癌复发的凝小软组织。

MRD,故常特指凝小残存软组织(Minimal Residual Disease)。使用“Minimal” (凝小)这个词汇,是因为它在古文献和医兼修专家中都面更为会用。不过,“Minimal”这个词汇可能会不具备“误导官能”,因为低素质的恶官能肿糙在结节病和病人各项政策方面也可能会不具备重要内涵。“Measurable”(可精确测量)一词汇可更为确切地描述残实际上病人体内的肿糙细胞的实际上。NCCN指南同时使用了“Minimal Residual Disease”(凝小残存软组织)和“Measurable Residual Disease”(可精确测量残存软组织)两个术语。

此另有,可行官能研究课题表明在原子素质上检查多种胃癌并不一定的ctDNA同样不具备医兼修单单,古文献和医兼修专家有时也会使用“Molecular Residual Disease”(原子残存软组织)一词汇。

近年来,两岸三地在并不一定中都面基于ctDNA的MRD分析方法报告(ctDNA-MRD)的医兼修数据库和证据更为加多,开启了并不一定糙MRD检查的热潮。并不一定糙ctDNA-MRD检查的系统建筑设计体裁主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情分析方法)

对原发该组成员织进行时脱氧核糖核酸以认定病症的特异DNA组成员变异图集,然后建筑设计引物个性解构panel或使用互换panel进行时个官能解构的ctDNA检查分析方法。

2)Tumor-uninformed assays(知悉分析方法)

也可以特指Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即无需原发该组成员织,大部分依赖于一组成员预先定为引物/探针建筑设计的与胃癌并不一定具体的互换panel进行时ctDNA检查分析方法,故常在检查ctDNA变异的同时,辅以ctDNA丝氨酸或片断组成员兼修等多组成员兼修新方法。弥补了该组成员织样本过剩或经故常出现间歇性位点过剩或TAT过多等问题。

Tumor-informed assays的系统建筑设计方针更为不符普罗大众的认知,在保证很低特异官能的以前提下,可通过经故常出现间歇性多位点的sample-level(样本素质)进一步增大其频率,系统建筑设计上限相较来说不是特别很低。Tumor-uninformed assays的系统建筑设计方针更为类似于早先用,通过增大site-level(位点素质)检查频率并辅以ctDNA丝氨酸或片断组成员兼修并转解构机器兼修习方法进一步增大其频率和特异官能,系统建筑设计上限相较来说较很低。

2021年4年初29日,《Clinical Cancer Research》因特网发表了“大部分使用白蛋白ctDNA检查结直肠癌病症凝小残存软组织(MRD)”的发表文章,首次官方网站了Guardant Reveal的研究课题数据库:MRD检查频率将近到91%,特异官能将近100%,这些注意到拥护了大部分白蛋白ctDNA-MRD检查(Tumor-uninformed assays)的潜在医兼修应用。

2021年8年初13日,《Clinical Cancer Research》因特网发表了“顺应潮流:大部分白蛋白ctDNA-MRD检查的应用以前景”的发表文章,在这中都研究课题者们提问分析方法报告了大部分白蛋白ctDNA检查MRD的能力,以及将丝氨酸统合到ctDNA检查的潜在好处。2

Parikh及其上司1 和Taieb及其上司3 提问了大部分白蛋白ctDNA-MRD检查在结直肠癌(CRC)病症中都面的潜在医兼修应用。

▲ ctDNA丝氨酸和变异在两项研究课题中都面的应用比较(Parikh和Taieb)

结直肠癌(CRC)的病人即便如此面临着一个挑战,即相当多的CRC病症因以前胃癌复发而过早死亡。尽管医兼修使用了标准的主要用途病人,但很低可能会性IIIC期CRC病症的5年生存率也大部分有53%,究其原因是不能注意到医兼修影像上并未检查到的凝小残存软组织(MRD)。4

目以前,仍迫切必需确切相符哪些病症术后实际上MRD,以帮助他的学生减少或增大主要用途病人,并增大治愈的可能会官能,同时最大限度地减少不致病人的具体毒官能。

在过去的几年中都,我们对ctDNA在CRC确诊和结节病中都面的应用有了普遍的了解。目以前,基于ctDNA的MRD分析方法报告仍要普遍应主要用途胃癌的病人中都面。

ctDNA是由DNA的短片断组成员成(差不多130-150bp),由肿糙细胞通过凋亡、坏死或增生特赦到消解构系统中都面。 ctDNA的同位素略长致使其成为敏感性的实时负重多种并不一定,它的实际上可能会反映了医兼修影像上全都的凝转移。

在治愈官能病人结束后,ctDNA中都面不止现的体细胞变异对随后的医兼修影像复发不具备较很低的HIV得出结论价值,特别是当这些变异与切除的该组成员织中都面的变异相一致时。检查这种ctDNA下定义的MRD可以在I-III期CRC中都面提以前医兼修影像数年初得出结论复发,从而为一组成员事与愿违会复发的CRC病症缺少一个分析方法报告新疗法的窗口。然而,这些ctDNA基本概念变异下定义的MRD检查新方法的频率即便如此是极小的,迫切必需改进其检查安全官能。

ctDNA的丝氨酸检查优于ctDNA的基本概念变异检查。ctDNA的丝氨酸间歇性在CRC中都面颇为故常见,并被视为大多数癌变的以前阶段。这种丝氨酸,就其下定义为DNA中都面赖氨酸的C5位置加到N-基团,调节附近DNA的表将近,以另有经典的抑癌DNA失活。与基本概念变异相对,CRC中都面实际上更为多的丝氨酸间歇性区域,为增大MRD检查的频率缺少了但他却。SEPT9,就是第一个依靠血浆检查单DNA丝氨酸间歇性进行时先用查和以前检查CRC的新方法。尽管ctDNA丝氨酸有这些优点,但这些并不相同的特官能也必需轻率,以保证检查分析方法的特异官能,并尽量减少骗HIV的可能会官能。

在这种文解构背景下,Parikh和Taieb的正因如此最新研究课题结果为我们对ctDNA安全官能的理解缺少了有用的补充,即无需原发该组成员织,大部分通过血浆ctDNA丝氨酸或联合行动ctDNA变异方能进行时确切的MRD分析方法报告。与其他必需对原发该组成员织进行时脱氧核糖核酸以他的学生原先ctDNA分析方法的检查完全并不相同,正因如此研究课题深入探讨了Tumor-uninformed assays的有效官能,它有几个劣势,以另有短时间内的TAT,降低初始开发成本,对该组成员织过剩或不最简单的病症进行时经故常出现间歇性。

Parikh等人缺少了一种ctDNA丝氨酸转解构ctDNA基本概念变异的互换panel进行时MRD的分析方法分析方法报告(NGS新方法),与其他零售上最简单的MRD检查新方法相对,这种新方法不必需切除的该组成员织以及个性解构解构。在事与愿违病人后使用时,这种大部分白蛋白ctDNA-MRD检查对复发不具备医兼修内涵的特异官能(100%)和频率(55.6%),通过统合表征DNA组成员特质和两端经故常出现间歇性分析方法,其频率可进一步增大至91%。1 该新方法被主要用途仍要在进行时的以前瞻官能研究课题,以另有他的学生IIA期结肠癌病人各项政策的NRG合作组成员研究课题(NCT04068103)。虽然还必需额另有的数据库集来测试这些注意到,但这些结果事实证明了基于ctDNA的MRD检查在知悉的情况下可给予的检查安全官能特质。

Taieb等人的研究课题依靠了一对先以前被事实证明是CRC切除后结节病具体的丝氨酸DNA标上物WIF1和NPY(ddPCR新方法),并将它们应主要用途PRODIGE-GERCOR IDEA-France飞行测试,将III期CRC病症随机分为3个年初 vs 6个年初的主要用途解构疗。在对加入III期飞行测试的III期CRC病症进行时的首次ctDNA-MRD分析方法报告中都面,有13.8%的病症术后为ctDNA-MRDHIV,并被核实为法理的结节病多种并不一定。3 同时,研究课题者也指不止,与其他使用NGS新方法的ctDNA-MRD研究课题相对,本研究课题中都面ctDNA的HIV率较低。频率和PPV同样低于NGS检查结果,ctDNA-MRDHIV和阴官能的5年DFS分别为65%和73%,尽管主要用途病人的和不理想的以前分析方法样本处理但会对这些结果产生冲击。该新方法值得注意的是其相较简单,颇为低的开发成本和潜在的重现官能,不必需零售检查中都面所见的专利检查新方法。仍要在进行时的以前瞻官能研究课题将进一步分析方法报告大部分白蛋白ctDNA检查是否必需确切分析方法报告MRD,以便对CRC病症进行时可能会性分层,并他的学生主要用途病人各项政策。

无论使用何种新方法,大部分用白蛋白ctDNA-MRD检查来他的学生CRC病症的病人决定,必需可靠且确切的检查新方法。需进一步增大大部分白蛋白ctDNA-MRD检查的频率来相符哪些病症可以从病人降入中都面讨价还价,以避开不恰当地同样很低危病症给予较低强度的病人。Parikh及其上司的研究课题结果表明,统合DNA组成员和表征DNA组成员以及两端白蛋白经故常出现间歇性,可突出增大大部分白蛋白ctDNA-MRD的频率。相对较,ctDNA-MRD检查的很低特异官能对于ctDNA作为一个完整的生物多种并不一定来相符病人升级是至关重要的。由于特异官能过剩,骗HIV的ctDNA-MRD但会使病症给予不致的强解构病人。Parikh及其上司的研究课题结果事实证明,除基本概念变异另有,还可以通过转解构表征DNA组成员丝氨酸特质的分析方法来保证特异官能。Taieb等人的基本概念的劣势在于增大了医兼修特质的频率和结节病,但是,仍要如研究课题者承认的那样,单独的两个DNA丝氨酸标上可能会无法缺少与转解构基本概念变异新方法的安全官能特质。重要的是,这项工作也阐释了标准解构分析方法以前条件的重要官能,因为各种提取新方法可以在很大程度上冲击ctDNA的得率和完整官能。在并未来的研究课题中都面,这些分析方法以前的考量将变得更为加重要。

丝氨酸被纳入MRD检查的吸引力是恰当的,愿意这些困难重重将独自增大下一代MRD检查的安全官能。总之,大部分白蛋白ctDNA-MRD的检查缺少了一个独特的但他却,使用一种无创新方法来探索病人解决方案,并有可能会根除很低危病症的凝转移官能软组织。这些研究课题结果无疑为并未来ctDNA-MRD他的学生的以前瞻官能医兼修研究先驱者了交通设施。

MRD,即便如此是一个短时间内拓展的领域,我们预计近两年但会不止现最初证据,要么揭示不止MRD检查的医兼修单单的局限官能,要么揭示不止MRD检查的其他劣势和新用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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